El paisaje volcánico tiene continuidad bajo las aguas marinas, los islotes tienen una amplia plataforma rocosa, donde abundan los veriles, cornisas, y algún túnel como el que atraviesa el Roque del Este. Por debajo de los fondos rocosos aparecen fondos detríticos, con arenas de origen orgánico en algunas zonas y fondos de rodolitos en otras.
La biota que soportan los fondos del archipiélago es única, tanto en lo que se refiere a su biodiversidad como a su biomasa. Hasta el momento se han catalogado 304 especies de macroalgas marinas, lo que representa una 53,15% de la florula total del Archipiélago Canario
y es la zona de las Islas con mayor índice de diversidad de especies de macroalgas.
Destaca la presencia de elementos poco frecuentes en el resto del Archipiélago, como son Meristotheca decumbens, Gloiocladia blomquisti, Leptofauchea brasiliensis y Cryptonemia seminervis.
La banda de algas pardas fotófilas tiene aquí una de las mejores representaciones, alcanzando hasta la profundidad de 30 m en algunos sectores (Roque del Este). Esta banda junto con las praderas de fanerógamas marinas o "sebadales" son comunidades muy interesantes porque llevan asociadas muchas otras especies vegetales y animales.
El poblamiento invertebrado también es muy interesante, con especies que en otros fondos se encuentran a mayor profundidad y que aquí pueden ser observadas por los buceadores, como es el caso de la vega (Stichopathes gracilis), la gorgonia (Paramuricea grayi), el coral naranja (Dendrophyllia ramea) y algunas colonias del coral negro (Antipathes wollastoni) y de la gerardia (Gerardia savaglia). También están bien representados los campos de las gorgonias roja (Leptogorgia ruberrima) y amarilla (Leptogorgia viminalis). No existen cifras exactas del número de especies de invertebrados marinos que existen en estas aguas, por lo que es importante realizar inventarios que permitan valorar esta riqueza biológica.
Un aspecto ecológico preocupante es el avance de los blanquizales en estos fondos, con densidades de 543,75 individuos/100 m2 en algunos puntos (Brito et al, 1997), y mayor según otros autores, hasta 7,58 ind./m2 (Casañas, 1995). Los blanquizales son zonas de sustrato duro (rocoso) desprovistas de cobertura vegetal por la acción raspadora del erizo de lima o eriza (Diadema sp.). El desarrollo de los erizos hace retroceder las poblaciones algales y esto produce un empobrecimiento progresivo de los fondos. Este fenómeno puede ser indicativo de una sobreexplotación de especies predadoras de los erizos y consecuente degradación de los fondos, ya que en otras áreas del Archipiélago sobrepescadas los blanquizales alcanzan su máximo desarrollo, con densidades de hasta 800-900 individuos/100 m2.
Otras especies de invertebrados marinos son aprovechadas como recurso marisquero, como por ejemplo los percebes o patacabras (Pollicipes cornucopia), la langosta de antena (Palinurus elephas), la langosta del país (Scyllarides latus), los cangrejos carnada de vieja (Xantho spp.), el cangrejo moro (Grapsus ascensionis), el cangrejo blanco (Plagusia depressa), el centollo (Maja squinado), la oreja de mar (Haliotis coccinea canariensis), y las lapas (Patella candei crenata, Patella ulyssiponensis aspera, Patella piperata). Sirva como ejemplo que en el período comprendido entre marzo del 95 hasta septiembre del 96 se extrajeron del área entre 9-10 toneladas de lapa blanca (Patella ulyssiponensis aspera), y entre 6-7 toneladas de pulpo (Octopus vulgaris) (Brito et al, 1997). Otro recurso explotado en los islotes es el calamar (Loligo vulgaris) cuya pesquería se sitúa entre los meses de abril y septiembre, sobre todo en ambas entradas de El RíoLa ictiofauna de los islotes cuenta con 228 especies de peces, de las cuales 38 son de peces condrictios o cartilaginosos y 190 de peces osteictios u óseos. Existen endemismos litorales canarios como el caboso (Didogobius kochi) y Diplecogaster ctenocrypta. Endemismos macaronésicos como la fula negra (Abudefduf luridus), el pejeperro (Bodianus scrofa), el romero (Centrolabrus trutta), el caboso (Chromogobius britoi), el chupasangre (Lepadogaster zebrina), el caboso de los charcos (Mauligobius maderensis), la morena negra (Muraena augusti) y el abade (Mycteroperca fusca). También están presentes otras especies que en el resto del Archipiélago son escasas o raras, como es el caso del romero capitán (Labrus bergylta), la baila (Dicentrarchus punctatus), el róbalo o lubina (Dicentrarchus labrax), y el corvinato (Sciaena umbra), que aquí son relativamente frecuentes.
Muchas de las especies de peces son capturadas durante las actividades pesqueras, como ejemplo hay que citar que entre marzo del 95 y septiembre del 96 se capturaron 185 toneladas de salemas (Sarpa salpa), 55 de bosinegro (Pagrus pagrus), 50 de vieja (Sparisoma cretense), 43 de congrio (Conger conger), 20 de medregal (Seriola spp.), 15 de morena pintada (Muraena helena), 10 de bicuda (Sphyraena viridensis), 8-9 de mero (Epinephelus marginatus) y 1 de abade (Mycteroperca fusca) (Brito et al, 1997). Si tenemos en cuenta las capturas totales de todas las especies, estas ascienden a unas 500 toneladas para el período considerado. Los recursos naturales de carácter pesquero y marisquero son la principal fuente de ingresos económicos para la población residente, por este motivo es necesario planificar y gestionar de forma adecuada estos recursos naturales renovables y tender hacia un modelo de desarrollo sostenible en el área.
Todavía se sigue produciendo la pesca ilegal de embarcaciones profesionales y deportivas no autorizadas. Además la práctica de la pesca submarina sigue haciendo estragos entre las especies de mayor tamaño. Otro problema sin solucionar es el control de las capturas realizadas en el espacio, sobre todo de las realizadas por los pescadores deportivos autorizados, tanto en el volumen y tamaño de sus capturas como el destino de las mismas.
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